戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之ใ日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了年，不过望你二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！”
戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个ฐ不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了年，不过望你二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！”
淳安县县令海ร瑞对这通令可是毫不含糊。当鄢都院的节使尚未到达淳安，他已๐经接到เ个禀帖。禀帖的开头规规矩矩地写着“严州府淳安县知县海谨禀”，紧接着就把通令的原文节录于后，再接着就说台下奉命南下，浙之前路探听者皆曰，各处皆有酒席，每席费银三四百两，并有金花金缎在席间连续奉献，其他供帐也极为华丽，虽溺器亦以银为之云云。最后要求钦差大人摒弃奢华的排场和搜刮，并且说，如果不能ม拒绝地方官这样的阿谀恭维，将来势必无法做到公事公办，完成皇上委托的任务。据说，鄢懋卿接到禀帖以后，就没有敢进入淳安，而是绕道他去。
淳安县县令海瑞对这通令可是毫不含糊。当鄢都院的节使尚未到达淳安，他已经接到个ฐ禀帖。禀帖的开头规规矩矩地写着“严州府淳安县知县海谨禀”，紧接着就把通令的原文节录于后，再接着就说台下奉命南下，浙之前路探听者皆曰，各处皆有酒席，每席费银三四百两，并有金花金缎在席间连续奉献，其他供帐也极为华丽，虽溺器亦以银为之云云。最后要求钦差大人摒弃奢华的排场和搜刮ุ，并且说，如果不能拒绝地方官这样的阿谀恭维，将来势必无法做到เ公事公办，完成皇上委托的任务。据说，鄢懋卿接到禀帖以后，就没有敢进入淳安，而是绕道他去。
统皇帝，在和蒙古瓦刺部落作战的时候被对方แ俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母荣登极，是为景泰皇帝，俾使瓦刺不能以当今天子被其拘禁而作为ฦ谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。个国家不能同时存在两ä个ฐ皇帝，于是正统被称为ฦ太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。7年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺ิ。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。
统皇帝，在和蒙古瓦刺๐部落作战的时候被对方แ俘虏。廷臣和皇太后商量之ใ后，拥立他的异母荣登极，是为ฦ景泰皇帝，俾使瓦刺不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。个国家不能同时存在两ä个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则ท乃系软禁。7๕年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺ิ。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。
这些为数两千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则ท他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100多个ฐ县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿獬豸服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝也无须乎赫然震怒，廷杖百官了。可见理想与事实，常常不能ม相符。否则ท申时行在执行职务时定会大感轻松，而以下所叙的事情也不至发生了。
这些为数两千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100多个县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿獬豸服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝ຓ也无须乎赫然震怒，廷杖百官了。可见理想与事实，常常不能相符。否则申时行在执行职务时定会大感轻松，而以下所叙的事情也不至发生了。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历12๐岁的那年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说他擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宇三年，听信阿谀之ใ臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以恕道待人，长此以往，必将导致天意的不再保祐。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历12岁的那年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说他擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝ຓ本人应对这种情况负责，说他御宇三年，听信阿谀之臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以恕道待人，长此以往，必将导致天意的不再保祐。
似乎ๆ是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之ใ意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有次率领僧众，跑到个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李贽以良知为主宰，寻求顿悟的方แ法，与颜山农的就地打滚无异。
李贽在158๖7年对这种攻击作出答辩。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到เ过这故事，如果真有这件事，只能证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之ใ中，谄事权贵人以保日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸时之宠。无人不滚，无时不然，无刻不打赢”当个人真能ม领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见已๐，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上段公案，可以看作当时心学派反对理学派的个事例。李贽与耿定向的个ฐ性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。仅仅在攻击李贽“未信先横”这个问题上，他的立场近似于理学派。
心学的发展在明代进入高嘲。由于王阳明的创造发挥，这种思想已经形成个完整的系统。王阳明原来也属于朱熹的信徒，据他自己้说，他曾经按照ั朱熹钓方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格来格去，始终没有格出个ฐ所以然，自已反而为ฦ此病倒。这个故事反映了他相信物质之理和道德之理相通，但是他没有接受理学的类比方แ法。既ຂ然此路不通，他就另辟蹊径，最后终于悟出个道理，即宇宙间各种事物的“有”，完全出于个人心理上的反映，比如花开花落，如果不被人所看见，花就与心“同归于寂”。所谓天理，就是先天存在于各人心中的最高尚的原则。忠孝是天理，也是心中自然而然产生的观念。
王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于元论。他的所谓“良知”，是自然赋予每个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。他的思想系统中还有个ฐ主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，件白的物体的白色乃是因，在观察者的心中ณ产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合”说。他认为，知识是种决断，必定引起种行动。个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为ฦ行，前者立即产生后者。所以，在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇็为相似：凡人立志于仁就可以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为ฦ真理而真理的倾向。和朱熹样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之ใ朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果个人把王阳明的学说看成种单纯的方法，施ๅ用于孔孟教条之前，就很可能ม发生耿定向所说的“未信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由á于各人的个ฐ性和背景而趋向于泛神主ว义浪漫主义แ个人主义自由á主ว义实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这趋向。158๖7年，李贽就走到了这条道路的交叉点。
几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏็决心和能ม力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李贽的学说半唯物，半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像朱熹那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在些关键的问题，例如良知的内涵是什么เ？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王畿作出断然的解答：个人企图致良知，就应当摈绝意念。理由是，人的肉体和思想，都处于种流动的状态之下，等于种幻影，没有绝对的真实性。所以，意念乃是枝节性的牵缠，良知则是永恒的不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别ี，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家神学的领ๆ域。李贽在北京担任礼部ຖ司务的时候，经常阅读王阳明和王畿的书，之后他又两度拜访王畿，面聆教益。他对王畿备加推崇，自称无岁不读王畿之书，亦无岁不谈王畿之ใ学，后来又主持翻刻了王畿的文抄录，并且为之作序。
按照ั王畿的学说，个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精神之中。个人不存在恶念，他就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李贽对耿定向的攻击不屑顾。耿定向说他狎妓，李贽就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领ๆ域中，不足成为指责的根本。在李贽看来，他的行为不过是佛家的“游戏三昧”，道家的“和光同尘”。因之他以“无善无恶”作为标帜ຒ，硬是不肯认错示ิ弱，另方面李贽则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李贽又有他的另面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王艮这边。王艮是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王艮把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是种历史的误会。因为在明代社ุ会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧ຕ烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王艮确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合说，其宗旨在于知圣人之ใ道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己้有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之ใ”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质”相关联。代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之ใ，息乱创业之君，则ท专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方แ式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新า的技术或创น造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能ม，也没出对付新的历史问题的能力。社会物质文明即李贽所谓“文”往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为ฦ历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为ฦ他承认了客观的真实性，治乱ກ兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主生事业的成败既ຂ为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重在他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则ท认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中ณ，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种会小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽在这些方แ面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利ำ极其相似。
李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝汉代的桑弘羊唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为ฦ王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之ใ术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为ฦ大胆的结论是个贪官可以为害至小，个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为ฦ倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中ณ，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到เ清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能ม主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主ว，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂ฐ以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之ใ耿家毫无逊色，何况两家又是姻ี家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿周二家相埒。当年麻城黄安初ม属麻城，1563๑年始分治士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为焚书写作了序言。在晚年，李贽又和漕运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给山西阳城的大族王家，成了户部ຖ尚书王国光的烟亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，赀财富有。他特意为李贽修造了所“假年别ี馆”，并且拨出果园菜圃和另块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋辈之中ณ，惟有焦竑家道清贫，但却无妨于这家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李贽本人的著作以及有关他的传记资料é，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有些特殊的女性甚至比男ç人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒ຐ扬仍然不遗余力。
十分显然，李贽没有创造出种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者根容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是这种前后不并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方แ。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精神。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。
如果把李贽的优越感和矫饰剔除不计，那么，他的思想面貌还不是难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不是背弃道德。
在种社会形态之中ณ，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中ณ付诸实践，则需要与不同的时代环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个ฐ人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能ม适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判ศ的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社ุ会带来开放的机能ม，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。
这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社ุ会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的雄旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”，
如果李贽在某种程度上表现了言行的致，那么唯合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创น建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。
对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为ฦ张居正所器重，1้57๕8年出任福建巡抚，主ว持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的试探和先声。两ä年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这重大措施ๅ很可能获得成功。
张居正少年时代的课业，曾经得到当地位官员的赏识。此人名李元阳，字中溪。他的生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿ู态出现。据记载，他和李蛰曾经见过面。
由于李元阳的影响，张居正早ຉ就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。也许，他得出的最后结论是，这派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州ะ学派中的佼佼者何心隐置于死地，但李贽则力为辩护，认为ฦ何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么เ样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施ๅ政方针，即便不算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个ฐ人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称已๐身不复为己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了华严å悲智偈中的“如入火聚，得清凉门”两ä句偈语，也就是说当自己้把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布种政治思想，以之作为治国的原则ท，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能ม推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们旦ຆ位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区本部ຖ门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利ำ，但由于顾全大体，没有坚持这种特别的经济利益，就得以保持全国政治的均衡。在这种以公众利益为前提的条件下，政府中枢才有可能统管理全国，而无须考虑各地区各部门以及各个人的特殊需要。这是种笼统的办法，也是种技术上简陋和没有出息的办法。
在本书的前面几章中曾不止处的提到，我们的帝国是由几百万个ฐ农村聚合而成的社ุ会。数以千万计的农民不能ม读书识字，全赖乎士绅的领ๆ导，村长里甲的督促，他们才会按照规定纳税服役。在法律面前，他们享有名义上的平等，而实际上，他们的得失甚至生死，却常常不决定于真凭实据而决定于审判官的念之间。本朝的法律也没有维持商业信用保障商业合同的规定，以此国际贸易无法开放，否则就会引起无法解决的纠纷。各地区按照其特殊需要而立法，更不能ม受到鼓励，因为会酿成分裂的局面。至于在文官集团内部，也无法通过组织系统集中这两万人的意见，必须假借谐音讽喻匿名揭帖以及讨论马尾巴๒等等离奇的方法，混合阴阳，使大家在半信半疑之间渐趋统。以上种种情况，在长时期里造成了法律和道德的脱节。治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化而越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则ท必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李贽正不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。
张居正是政治家，李贽是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李贽近于马基雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯洛克样，从个ฐ人主义和唯物主义出发构成个新的理论体系。他察觉到เ自己有自私自利的面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰——世间的矛盾，在“道”的范畴中ณ得到调和而且消失。这在心学中ณ也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不善。
这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另方面，他思想中唯物主ว义的部分也并不彻底。这使李贽不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之ใ自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是“归风求凰，安可诬也”。他斥责王莽张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李贽认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己้行动的人物，足以称为“上人”，而李贽自己能ม作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”。
这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的藏书之中。李贽对这部书自视甚高，称之为“万世治平之ใ书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。他认识到，他的观点不能见穿于他所处的社会，然而这个社ุ会需要如何改造才能承认他的观点，在书中ณ却不着字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”，皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为个矫饰的社ุ会。
1601้年初春，芝佛院被场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖。这案情的真相始终未能ม水落石出，但却肯定与下面的个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。梅国桢有个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李贽对舆论不加理睬，反而毫无顾忌地对澹然和她的妯娌๒大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”“澄然”“明因”“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因明因等又奇，真出世丈夫也。他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿系犹以为ฦ嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为观音问。他还有首题“绣佛精舍”的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中ณ所流露的挑战性，无疑为ฦ流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该呜鼓而攻之。
事情还有更为ฦ深刻和错综的内容。李贽的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方แ官则ท不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及滛乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁้人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为ฦ必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己้看来，则属于卫道。
这次事件已经早有前兆。5年之前，即1596年，有位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为ฦ国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中ณ疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻焚书，1600่年又回到芝佛院。这次招摇的旅๓行使当地官绅更为ฦ痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之ใ地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好把火烧了他的栖身之地。事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李贽北上，并且慷慨地供应他和随从僧众的生活所需，使李贽的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仰慕者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。
在生命中ณ的最后年里，他致力于易经的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者生最后的工作，其传统肇始于孔子。李贽既ຂ已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的个ฐ幻影；同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱ກ之ใ机，由乱复归于治，有待于下代创น业之君弃文就质。在1601年，李贽提出这理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中ณ。就在这年，努尔哈赤创立了他