在乎日，皇帝天要批阅2๐0至30件本章。这些本章都写在张长纸上，由左ุ向右折为四叶八叶十二叶不等，因而也简称为“折”。本章的种类很多，式样字体大小每叶字数以及行文口气等都因之而各不相同。但概括说来则可分为两种：其，各衙门以本衙门名义呈送的称为ฦ“题本”。题本由通政司送达官中，其副本则送给给事中ณ办事处，即六科廊房。题本中的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。其二，京官以个人名义แ呈送的称为ฦ“奏本”。奏本所呈奏的事项十九在呈奏者的本职之外，例如礼ึ部官员议论军政，军政官员批评礼仪。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级，也不必另备副本。奏本由á呈奏者自己้送到会极门，由管门太监接受。由于这样，奏本的内容，在皇帝ຓ批示ิ并送交六科廊房抄写公布以前，别人是无从知悉的。在全体臣僚中引起震动的本章，往往属于这类奏本。
在乎ๆ日，皇帝天要批阅20至30件本章。这些本章都写在张长纸上，由á左向右折为四叶八叶十二叶不等，因而也简称为“折”。本章的种类很多，式样字体大小每叶字数以及行文口气等都因之而各不相同。但概括说来则可分为两种：其，各衙门以本衙门名义呈送的称为“题本”。题本由á通政司送达官中，其副本则送给给事中办事处，即六科廊房。题本中的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。其二，京官以个人名义呈送的称为“奏本”。奏本所呈奏的事项十九在呈奏者的本职之外，例如礼部官员议论军政，军政官员批评礼仪。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级，也不必另备副本。奏本由呈奏者自己送到เ会极门，由管门太监接受。由于这样，奏本的内容，在皇帝批示并送交六科廊房抄写公布以前，别人是无从知悉的。在全体臣僚中引起震动的本章，往往属于这类奏本。
基于这些社会背景，文官们自应形成个具有共同思想的集团。京官为文官中的优秀分子，自然更不必说。他们无例外地从小熟读“四书”。宋代大儒朱熹的注释，既为官方แ确定，奉为正宗，则他们也早全盘接受，因之对切事物的看法，也更为致。他们都知道施政出于仁民爱物之心，亦即同情和怜恤之心。个有教养的人知道他自己有生活上的需要，又对家人父子具有感情，推己及人，就不能不想到เ其他人也有这些需要和感情，那么他也不得不尽力使其他人能获得他们的需要和发挥他们的情感了。
天下的大道理都可以用常情来度量。即便是最为严格的教条，也承认因情理而发生的例外。譬如说个人对自己的嫂嫂应当敬爱而又经常保持距离，但是当嫂嫂掉进水里，那ว就不是再保持距离的时候，而定要用手拉她。这种原则和例外，亦即古人所说经和权。这些关系，文官们也无疑地了如指掌。
因为他们都是读书明理之ใ人，他们也具有无背于圣贤之道的幽默感。这种爱好幽默的情趣，尤其在他们谈论揶揄鸿胪寺礼ึ官时表现无遗。他们所谓“元哭王唱，姜辣李苦”，对于这几位赞礼官古怪的声调作了很准确的描写。虽然有行礼时候，他们个个本正经，散班之后却总是有很多令人捧腹的故事在他们中间流传，譬如说礼官自己忘了转弯，唱转而不转，武臣不等赞礼ึ官唱跪而先行下跪等等。
这些为数两ä千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100่多个县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早ຉ已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿獬豸服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝也无须ี乎ๆ赫然震怒，廷杖百官了。可见理想与事实，常常不能相符。否则申时行在执行职务时定会大感轻松，而以下所叙的事情也不至发生了。
首辅申时行虽然提倡诚意，他对理想与事实的脱节，却有番๘深切的认识。他把人们口头上公认的理想称为“阳”，而把人们不能告人的私欲称为ฦ“阴”。调和阴阳是件复杂的工作所以他公开表示，他所期望的不外是“不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”。达到เ这个低标准，已经需要番๘奋斗，如果把目标定得更高，那就不是实事求是了。
要消除文官中不愿公开的私欲是不可能的。因为整个社ุ会都认为做官是种发财的机会，不少的小说和笔记都写到，个人得中进士，立即有人前来出谋划策，如何买田放债，如何影响诉讼，如何利用权势作额外收入的资本。北京的些放债人，经常借钱给穷困的京官，俟后者派任地方官，这些债主ว就随同任所，除了取回借款之外，还可以本外加利ำ，利又成本。地方官综揽民政与财政，致富的机会至多。至于官员本身，向这种社会风气投降的程度则各有不同。大多数人觉得在似合法又似非法之间取得部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们士大夫阶级的生活水准，与情操无损。另有相当数量的官员，则声名狼藉，其搜刮自肥的劣迹令人愤慨。再有部分极端人物，则属清高自负，介不苟取于人，这绝对的道德观念，可以由古怪的南京都御史海ร瑞作为代表。这三者的差别，也就是文官之间不能和谐的大原因。
中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权限难避免的结果。中央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要个月。执笔者铺陈情事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料也许已经百年没有修订过。中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须找出自己的行政管理办法。
这种办法，即以“责任”二字为交代。个地区发生了问题，府县官自然责无旁贷。例如三千亡命之徒，丛聚为ฦ盗，当地地方官必受检举。他可以被指责为因循贻误，缺乏胆识，以致事态不可收拾；有时被检举的罪名，也可以完全相反，而被论为浮躁轻率，以致迫使亡命之徒铤而走险。这样，凡是发生事故，中枢之是否能作深入的调查研究已无关宏旨，上级总可以归罪于下级地方官。周密的调查既费周折，而如果受罚者又提出证据为自己้辩护，如所出事情，在他到任之前滋生，或者其差错在于邻府邻县，或者由于上级指示ิ错误，则法庭也无法结案。案悬不结，责任不明，必将破坏全部文官机构的规律，失去以后赏罚的标准。
因之ใ我们的政事，注重体制的安定，而不计较对人事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照ั规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有1100多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌二。如果个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这位地方แ官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。京官对这种考核总是战战兢兢，因为旦得到เ两个不良的评语，则生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。
各式各样的社会关系也使他们结成小集团。出生于省县，是为“乡谊”。同年考中举人或进士，是为“年谊”；同年的举人或进士就像学校里的同班样，在原则上有彼此关照的义务，他们的考官则不消说是终身的恩师。婚姻关系，包括男女双方แ的远亲近属，是为“姻谊”。这多种的“谊”是形成文官派系的个主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。
申时行既然身居首辅，他不能ม不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部ຖ院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们私人派系。他有次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法？他自己还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位？申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免。张居正案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖。与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中ณ楼阁，最多也不过是种理想和种装饰。对这种看法，申ã时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，个人仍能以此作为去推行他的诚意。
即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在？如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使2000名京官对事情有致的看法？又如何能使1้8000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂โ“皇恩浩荡”？我们还有什么更好的标准去教育全国约100万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先寡母贤妻？个ฐ人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为ฦ例。邹้元标在17年得中进士，时年26岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州ะ的穷乡僻壤。去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有獬豸的袍服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人勿
闻，莫若勿为”的谚语，揭穿皇帝ຓ的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏官再次廷杖。
个ฐ从七品的下级文官，过去对朝廷的惟贡献只是检举ะ了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥ม皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹้元标和其他诤谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利ำ，即所谓“讪君卖直”。这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到个题目，宁可在御前犯不敬之ใ罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
既有这种人物具有这样看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行决心做和事佬，他的诚意得到了某些文官的尊重，但并不能ม为全部人士所谅解。他有时被批评为ฦ张居正的循吏，有时则被指责为“首尾两端”，即遇事左顾右盼，缺乏决心。但是申时行却并不因这些批评而改变作风。旁人处在他地位上，可能采取比较直截了当的硬性办法。申时行之“蕴藉”，半由天赋，另半则因为在前任和后台那里得到的教训。张居正死后被参，家产籍没，子弟流放，如果他仍然按照ั张的作风办事，至少也是没有头脑。今日他端坐在文渊阁中张居正留下的公案后边，当然不能忘怀张居正当年的神情气概。这位烜赫时的首辅，确乎把他申ã时行当作门生和属吏。但也正因他申时行能够虚心下气，才有进步成长的机会，而终于成为张居正的继任人。
他的前任和后台是个聪明绝顶ะ的人物，能够记忆千头万绪的详情末节，同时又极能了解各种人事的机微。在隆庆皇帝去世的时候，几乎所有的廷臣都厌恶高拱，而对张居正却表示好感。甚至他为了获取首辅的地位，不惜与大伴冯保周旋，并以此得到慈圣太后的垂青种种情节，也得到同僚的谅解。12年他开始为ฦ文渊阁主人，确实是帆风顺。然而在10年之后竟身败名裂，成为历史上大悲剧的主角。申时行对这悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申ã时行生平不愿宣扬别ี人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到เ了教益。
张居正的10年新政，其重点在改变文官机构的作风。这文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之ใ日，他犹可利用权势压制ๆ他的批评者，可是旦身故，他的心血事业也随之ใ付诸流水。
加强行政效率乃是种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝110่0多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数经规定，就因袭而不加修改。个富裕的县份，其税粮总数可以是个穷僻县的3๑00倍到เ500倍之间。
当个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主ว。
有些县份的税额很低，粗粗看，似乎ๆ必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为ฦ当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在般情况下，收税达到定的税额，例如某县已征收了税额的60่％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主ว抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部ຖ分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主ว没有别的办法，只能拘押些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之ใ乡，就是这样个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已๐司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”，即各地方แ官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝ຓ的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村替老缙绅所行“间接管制ๆ”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利ำ益。但是“四书”所揭橥的为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能ม不顾己้安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能ม在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能ม在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到เ皇帝ຓ的肯定和合作，才能ม使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落个ฐ引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之ใ引用私人，是无法避免的。以我国幅员之大，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能ม对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正心改弦更张，10年“专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之ใ，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之ใ可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施ๅ，彻底暴露了这大帝国中ณ央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既ຂ不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之ใ前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银千两ä以为资助。因为在小皇帝ຓ的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了座规模相同的张宅，主ว其事者是锦衣卫的个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿谀奉献。接踵而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则ท张居正以整理驿传作为ฦ他自己的大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私藉公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛抬行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能ม以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田à地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己้的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不的大证据；即在般人看来，这至少也是道德上的疵瑕。这些地方也使万历丧失对元辅老师的番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢马蚤，他定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己้。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以拔斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而情形却不是这样。王世贞心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩๗，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”。前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不堪使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为ฦ他的同年作张公居正传时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申ã时行，也多轻蔑之语。
还有个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在封信上指出“芝兰当路，不得不锄”。汪待郎虽有芝兰之ใ美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉锄斫去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已๐包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工ื具，对其中最孚众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这点，并且引用佛家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如入火聚，得清凉门。”既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈士的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能ม避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造个新า的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用恕道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为ฦ首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳刚ธ有阴。他必须ี恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之ใ类，就只能付诸笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾再感到风雨飘摇。当日凡被目为张居正的私人，都要费番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早ຉ为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，俨然个ฐ成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑ທ忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到เ，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮夏言严å嵩徐阶高拱和张居正6๔人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在15๓83年的夏天到1585๓的夏天，申时行似乎感觉到เ有个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且天比天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主ว试官之，难道和他没有关系？这质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用懋。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃ี是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学谟却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，以致没有选到个ฐ真正的吉|岤，但真正原因乃是徐学谟已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉ล。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从些小事开始，诸如句经书的解释，种谐音的讽刺๐，张不署名传单的内容，个ฐ考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出个冤案，参劾个ฐ不知名小官的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累็而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个ฐ道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方แ式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申ã时行险些垮台；再加以高启愚案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃ี是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼部右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照ั过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行样，他还很可能ม为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”，这时被认为宣扬禅让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这攻击既阴险又毒辣，因为它正中ณ了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为ฦ高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为ฦ申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃ี是这场大风浪ฐ，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举ะ参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初ม在高启愚出题劝进的时候言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示ิ了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置喙。但是为ฦ了保持文官间的平衡，也为ฦ了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中ณ最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃ี以“出题谬妄”的罪名，被褫夺文官身份和以前恩赐的祖先诰命。
张居正案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被褫，家产也已๐没收，儿子进士翰林的名称又经笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能ม使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是个令人感情激动的题目。只要提起他的名字，就立刻๑引起很多人气愤，因此反对者不定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎兼讲官高启愚礼部尚书徐学谟和他申ã时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威แ胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后台老板以及提拔的后进。他们又无不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了个人，就得罪了批人；得罪了批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正套偏激的办法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了獬豸这动物。监察官是征集舆论平衡阴阳在公益和私利中ณ找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和给事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁é者的权位，却有了独裁é者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申ã时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸ถ襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这位邹元标，除了上书触怒圣颜之ใ?